创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。　　南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。　　另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传...

　20世纪末，一种被称为“B细胞”的物质被发现存在于生物体内，这种物质会直接侵入生物的DNA内部，使其产生异变。科学家们对这种奇妙的物质产生了极大的兴趣，为此进行了多次动物实验，并秘密地准备将B细胞用在人体上。高中生海堂佑司在不知不觉中成为了牺牲品，也因B细胞的活性化而被诊为不治之症，进入了精心安排下的冷冻睡眠。在这段时间内，由于动物体内的B细胞无法通过冷冻来抑制，使其发生了突变增殖引发了物种变化...