内务大臣大久保利通道出过去担任政府刺客的志志雄真实正在京都密谋造反，并希望剑心协助暗杀志志雄。与斋藤一战后，察觉自己内心深处仍住著不曾改变的疯狂刽子手，剑心也因此再次踏上流浪之路。随著他的离去，舞台也来到京都......